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茵陳質(zhì)量標(biāo)志物的預(yù)測(cè)(二)

發(fā)布時(shí)間:2021-07-18 22:34 編輯者:特邀作者夏德婷

2.1.3 GO分類富集分析

將所得到的81個(gè)靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行GO功能富集分析,得到GO條目1 892個(gè),其中生物過(guò)程條目1 648個(gè),細(xì)胞組成條目82個(gè),分子功能條目162個(gè),分別占73%、13%、14%.其中,生物過(guò)程主要涉及氮化合物代謝過(guò)程的正調(diào)控、大分子代謝過(guò)程的正調(diào)控、細(xì)胞過(guò)程的正調(diào)控、刺激反應(yīng)的調(diào)節(jié)、細(xì)胞對(duì)有機(jī)物質(zhì)的反應(yīng)、細(xì)胞對(duì)化學(xué)刺激的反應(yīng)及對(duì)含氧化合物的反應(yīng)等過(guò)程;分子功能主要涉及激活轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合、蛋白質(zhì)結(jié)合、酶結(jié)合及蛋白質(zhì)異構(gòu)化活性等功能;細(xì)胞組成涉及在膜結(jié)合細(xì)胞器、細(xì)胞質(zhì)部、胞外區(qū)及細(xì)胞器等區(qū)域.3個(gè)分支數(shù)量排名前20位相關(guān)條目信息柱狀圖如圖2所示.

圖2圖2續(xù)1圖2續(xù)2

2.1.4 KEGG通路富集分析

利用DAVID6.8.0數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)81個(gè)靶點(diǎn)進(jìn)行通路富集分析,得到281條信號(hào)通路(P<0.05),涉及癌癥、乙型肝炎和TNF信號(hào)通路等,表明這些靶點(diǎn)可能主要通過(guò)調(diào)控這些通路達(dá)到干預(yù)疾病的目的.前20位信號(hào)通路氣泡圖如圖3所示.

圖3

2.1.5“成分—靶點(diǎn)—通路”網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析

將富集分析得到的排名前20的通路所對(duì)應(yīng)的57個(gè)作用靶點(diǎn)及13種成分,運(yùn)用Cytoscape3.7.1軟件構(gòu)建“成分—靶點(diǎn)—通路”網(wǎng)絡(luò),根據(jù)網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵W(xué)性質(zhì)度值排序確定關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),在所構(gòu)建的網(wǎng)絡(luò)中,依據(jù)Degree值(度值)確定關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),度值>中位數(shù)(成分度值中位數(shù)=3,靶點(diǎn)度值中位數(shù)=15,通路度值中位數(shù)=14)的成分有4種,靶點(diǎn)有28個(gè),通路有10條.4種成分為槲皮素、異鼠李素、β-谷甾醇及茵陳蒿靈A,度值分別為55、8、7和5,由于該4種化合物在網(wǎng)絡(luò)中具有較高的連接度,提示這可能是茵陳發(fā)揮藥效的主要活性成分.靶點(diǎn)的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)分別是AKT1、TNF、JUN、MAPK1、RELA、TP53及IL6,度值分別是38、37、37、36、36、34及31,表明這可能是茵陳化合物作用于癌癥、腫瘤、乙肝與病毒等信號(hào)通路潛在的關(guān)鍵作用靶點(diǎn).網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究從成分有效性角度提示槲皮素、異鼠李素、β-谷甾醇及茵陳蒿靈A等成分可作為茵陳潛在Q-marker進(jìn)行深層次研究.

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