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茵陳質(zhì)量標(biāo)志物的預(yù)測(cè)(一)

發(fā)布時(shí)間:2021-07-17 22:14 編輯者:特邀作者夏德婷

基于中藥質(zhì)量標(biāo)志物的理念,對(duì)茵陳化學(xué)成分有效性、生源途徑、成分特異性、傳統(tǒng)功效、傳統(tǒng)藥性及化學(xué)成分可測(cè)性進(jìn)行了潛在質(zhì)量標(biāo)志物的預(yù)測(cè).通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)進(jìn)行成分有效性分析,基于文獻(xiàn)整合及數(shù)據(jù)分析對(duì)茵陳的生源途徑、成分特異性、傳統(tǒng)功效、傳統(tǒng)藥性及化學(xué)成分可測(cè)性進(jìn)行質(zhì)量標(biāo)志物預(yù)測(cè).結(jié)果顯示,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)獲得槲皮素、異鼠李素及茵陳黃酮等13個(gè)活性成分,關(guān)鍵靶點(diǎn)有AKT1、TNF、JUN、MAPK1、RELA、TP53及IL6等.GO功能富集分析得到GO條目1 892個(gè),其中生物過程條目1 648個(gè),細(xì)胞組成條目82個(gè),分子功能條目162個(gè).KEGG通路富集篩選得到281條信號(hào)通路(P<0.05),涉及癌癥通路、乙型肝炎及TNF信號(hào)通路等.結(jié)果表明,結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和文獻(xiàn)分析得出了茵陳蒿靈A、馬栗樹皮素二甲醚、大牛兒烯D、6,7-二甲氧基香豆素和茵陳色原酮可作為茵陳潛在的質(zhì)量標(biāo)志物。

引言

茵陳為菊科植物濱蒿或茵陳蒿的干燥地上部分,具有利濕退黃與清熱解毒的功效,主要用于治療黃疸與濕疣等疾病。茵陳的主要成分包括有機(jī)酸類、黃酮類、香豆素類及揮發(fā)油類等.茵陳的現(xiàn)代藥理作用有解熱、鎮(zhèn)痛、抗炎、抗病毒、抗腫瘤、降血壓、調(diào)血脂、抗骨質(zhì)疏松、神經(jīng)保護(hù)、調(diào)節(jié)代謝及預(yù)防阿爾茨海默病等多種功效。中藥質(zhì)量標(biāo)志物(Q-marker)是中藥質(zhì)量控制的新概念,基于中藥傳遞與溯源、有效、特有、可測(cè)和處方配伍的“五原則”,可建立中藥全程質(zhì)量控制及質(zhì)量溯源體系,為中藥質(zhì)量控制提供了新的思路.本文基于Q-marker理論,運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和文獻(xiàn)分析對(duì)茵陳潛在Q-marker進(jìn)行預(yù)測(cè),為整體控制茵陳的質(zhì)量提供參考依據(jù)。

1數(shù)據(jù)庫(kù)和相關(guān)軟件

TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php),Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.uniprot.org/),Gene Cards數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.genecards.org),在線韋恩圖(http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html),DAVID6.8.0數(shù)據(jù)庫(kù)(https://david.ncifcrf.gov/),Omicshare數(shù)據(jù)庫(kù)(http://ww.omicshare.com),STRING數(shù)據(jù)庫(kù)(https://string-db.org/),Graph Pad Prism 6.0軟件及Gytoscape 3.7.2軟件等。

2方法與Q-marker預(yù)測(cè)

2.1基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的茵陳成分有效性的Q-marker預(yù)測(cè)

2.1.1茵陳活性成分及靶點(diǎn)的篩選

運(yùn)用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái)TC-MSP,以“茵陳”為關(guān)鍵詞進(jìn)行化學(xué)成分搜索,以口服生物利用度(OB)≥30%和類藥性(DL)≥0.18為篩選條件,進(jìn)行茵陳活性成分的篩選,共得到13種活性成分(見表1)。同時(shí),利用TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)收集茵陳活性成分的靶標(biāo)蛋白。借助Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù),將靶標(biāo)蛋白名稱導(dǎo)入,物種限定為“Human”,檢索得到的所有靶標(biāo)蛋白校正Uniprot ID,并得到靶標(biāo)蛋白所對(duì)應(yīng)的基因名。

表1

2.1.2交集基因的篩選

茵陳的主治疾病為黃疸和濕疹.黃疸臨床常見疾病有急慢性肝炎、肝硬化、膽結(jié)石及消化道腫瘤等.以急性肝炎、慢性肝炎、病毒性肝炎、肝硬化、膽結(jié)石、消化道腫瘤和濕疹為疾病,利用Gene Cards數(shù)據(jù)庫(kù)查找以上疾病的基因,選擇每種疾病的前300個(gè)基因排列在一起,作為藥物的疾病基因,共獲得疾病基因1 050個(gè)。利用在線韋恩圖,將成分基因和疾病基因?qū)?,得到交集基因?1個(gè),結(jié)果如圖1所示。

圖1

聲明:本文所用圖片、文字來源《成都大學(xué)學(xué)報(bào)》,版權(quán)歸原作者所有。如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題,請(qǐng)與本網(wǎng)聯(lián)系刪除。

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