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基于宏基因組技術(shù)分析自然發(fā)酵羊肉香腸中微生物多樣性及生物胺的代謝

發(fā)布時間:2024-01-09 17:02 編輯者:陳丹

羊肉發(fā)酵香腸是用羊肉制成的香腸,是香腸中的新品種,因其加工技術(shù)成熟、方便食用和耐貯存等特點(diǎn)備受關(guān)注。生物胺是一種分子質(zhì)量低、難揮發(fā)的堿性物質(zhì),攝入的食物中如果生物胺含量較高可能會中毒,導(dǎo)致頭痛、嘔吐或者腹瀉等不良癥狀出現(xiàn)。自然發(fā)酵香腸的發(fā)酵過程屬于開放式多菌種混合發(fā)酵體系,其中具有氨基酸脫羧酶活性的微生物產(chǎn)生氨基酸脫羧酶將游離氨基酸脫羧生成相應(yīng)的生物胺。

近日,西南民族大學(xué)食品科學(xué)與技術(shù)學(xué)院以不同發(fā)酵階段的羊肉香腸為實(shí)驗(yàn)對象,采用高效液相色譜方法測定樣品中的生物胺含量,采用宏基因組技術(shù)分析樣品中的微生物組成及變化,對生物胺和微生物多樣性進(jìn)行相關(guān)性分析,并結(jié)合非冗余(NR)蛋白質(zhì)序列、直系同源蛋白分組比對(eggNOG)數(shù)據(jù)庫和京都基因與基因組百科全書(KEGG)數(shù)據(jù)庫對微生物和酶的豐度與功能進(jìn)行注釋,探究生物胺與微生物菌群的相關(guān)性,以及生物胺代謝與微生物和酶的關(guān)系,旨在為探究自然發(fā)酵羊肉香腸中生物胺的代謝機(jī)制提供科學(xué)依據(jù)。

1 羊肉香腸的生物胺測定結(jié)果

利用高效液相色譜分別確定了色胺、苯乙胺、腐胺、尸胺、組胺、酪胺、亞精胺和精胺的保留時間。以這8 種生物胺標(biāo)準(zhǔn)品制作不同質(zhì)量濃度的混合標(biāo)準(zhǔn)品溶液,以峰面積比作為因變量,不同質(zhì)量濃度(mg/L)作為自變量,繪制并得到標(biāo)準(zhǔn)曲線和方程,分別為y=0.034 9x+0.004 3(R2=0.999 7)、y=0.693 2x-0.001 2(R2=0.999 9)、y=1.352 1x+0.017 3(R2=0.999 8)、y=1.786 3x+0.009 8(R2=0.999 9)、y=1.830 6x-0.002 0(R2=0.999 6)、y=1.520 2x+0.009 0(R2=0.999 9)、y=1.755 7x-0.115 2(R2=0.999 2)和y=1.278 5x-0.088 4(R2=0.999 1)。通過標(biāo)準(zhǔn)曲線方程,計算出不同發(fā)酵階段羊肉香腸樣品中各種生物胺含量,結(jié)果如表1所示。

色胺、苯乙胺和腐胺在羊肉香腸發(fā)酵過程中差異不顯著(P>0.05)。尸胺和組胺含量變化沒有明顯的規(guī)律,而酪胺、亞精胺和精胺均呈現(xiàn)先上升后降低的趨勢,只是酪胺的最大值出現(xiàn)在第5天,而亞精胺和精胺最大值則是在第14天。其中,組胺最終含量為1.26 mg/kg,酪胺最終為5.07 mg/kg,總生物胺為80.42 mg/kg,自制羊肉香腸的生物胺符合報道要求組胺、酪胺和總生物胺含量的規(guī)定,香腸的安全性符合要求。在8 種生物胺中,精胺含量最高,為羊肉香腸發(fā)酵過程中的主要生物胺,14 d達(dá)到最高值97.70 mg/kg,呈現(xiàn)先增加后減少的趨勢;0 d與26 d的精胺含量與14 d呈顯著差異;亞精胺和精胺一般與原料肉的品質(zhì)、部位以及生理狀況有關(guān),是生物體內(nèi)的生理多胺,雖然研究表明這兩種胺對人體健康沒有直接的不良影響,但可能與亞硝酸鹽反應(yīng)形成致癌的亞硝胺,因此,也需要控制其含量。

2 羊肉香腸中微生物的群落結(jié)構(gòu)

提取羊肉香腸樣品基因組,經(jīng)宏基因組測序和去除低質(zhì)量數(shù)據(jù)后,得到62 106 208 bp,包含67 377 條序列。對羊肉香腸樣品進(jìn)行物種注釋,共鑒定出43 個門、60 個綱、112 個目、201 個科、465 個屬和2 156 個種的微生物。

在細(xì)菌的屬水平,豐度排名前30的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)如圖1 所示,較直觀地展示了不同發(fā)酵階段羊肉香腸中細(xì)菌群落構(gòu)成的異同。第0 天,嗜血桿菌屬(Haemophilus)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)、酒球菌屬(Oenococcus)、李斯特菌屬(Listeria)和弓形菌屬(Arcobacter)相對豐度較高,分別為20.39%、18.82%、10.02%、5.24%和5.20%;第5天時,樣品中相對豐度較高的細(xì)菌屬為弧菌屬(Vibrio)、葡萄球菌屬、嗜血桿菌屬、酒球菌屬和明串珠菌屬(Leuconostoc),其相對豐度分別為21.16%、17.79%、13.86%、6.50%和3.83%;到第14天時,葡萄球菌屬相對豐度達(dá)到4 組樣品的最高值,為43.95%,其次分別是嗜血桿菌屬,相對豐度為11.73%,為4 個時間點(diǎn)的最低值,弧菌屬的相對豐度為7.64%,酒球菌屬和李斯特菌屬的相對豐度也變?yōu)榱? 個時期的最低值,分別為6.03%和3.15%;直到第26天,與第14天相比,相對豐度較大的細(xì)菌屬類別不變,但相對豐度發(fā)生了改變,葡萄球菌屬為25.39%、嗜血桿菌屬為18.63%、酒球菌屬為8.89%、弧菌屬為4.79%、李斯特菌屬為4.70%。

說明發(fā)酵羊肉香腸中的細(xì)菌構(gòu)成較為復(fù)雜,不同發(fā)酵階段的樣品中的優(yōu)勢菌屬不同,這可能是由于自然發(fā)酵這一生產(chǎn)方式導(dǎo)致。總體來講,在自然發(fā)酵羊肉香腸樣品中葡萄球菌屬的占比較大,這是一類常見于發(fā)酵肉制品中的優(yōu)勢菌,葡萄球菌可以快速還原硝酸鹽,使降解產(chǎn)物與肌紅蛋白結(jié)合形成亞硝基紅蛋白,賦予肉制品紅潤的色澤,同時還能夠防止脂肪氧化。樣品中具有相對豐度較高的嗜血桿菌屬,這可能與原材料有關(guān),羊肉或者豬腸衣自身攜帶有嗜血桿菌屬,導(dǎo)致樣品中這種微生物相對豐度較高,可能會引發(fā)食源性疾病,因此在選擇原材料時應(yīng)注意原料的品質(zhì),保證食品安全。

真菌在羊肉香腸樣品中占比較小,相對豐度排名前3 0 的真菌屬中,最大的是德巴利酵母菌屬(Debaryomyces),其相對豐度僅為0.206%,在第14天時出現(xiàn),其余的真菌屬相比較細(xì)菌屬而言,對生物胺的作用可以忽略不計。

3 羊肉香腸中細(xì)菌屬水平結(jié)構(gòu)與生物胺的相關(guān)性分析

羊肉香腸發(fā)酵過程中微生物菌群結(jié)構(gòu)會發(fā)生變化,生物胺作為氨基酸脫羧的產(chǎn)物,其種類和含量與微生物的豐富度和多樣性密切相關(guān)。使用Spearman相關(guān)性分析研究了羊肉發(fā)酵香腸樣品中8 種生物胺和30 個優(yōu)勢細(xì)菌屬之間的關(guān)系。結(jié)果表明,明串珠菌屬、假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas)、弧菌屬、發(fā)光桿菌屬(Photobacterium)和希瓦氏菌屬(Shewanella)均與尸胺呈極顯著(P<0.01)正相關(guān);與精胺呈顯著(P<0.05)負(fù)相關(guān)的15 種細(xì)菌分別為李斯特菌屬、酒球菌屬、弓形菌屬、嗜血桿菌屬、芽孢桿菌屬(Bacillus)、克雷伯氏菌屬(Klebsiella)、短螺菌屬(Brachyspira)、彎曲桿菌屬(Campylobacter)、Eggerthia、變漿體屬(Anaplasma)、腸球菌屬(Enterococcus)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、奈瑟氏菌屬(Neisseria)、梭狀芽孢桿菌屬(Clostridium)和分枝桿菌屬(Mycolicibacterium);與亞精胺呈顯著(P<0.05)負(fù)相關(guān)的4 種菌屬分別為李斯特菌屬、酒球菌屬、弓形菌屬和嗜血桿菌屬;與酪胺呈顯著(P<0.05)負(fù)相關(guān)的5 種菌屬分別為李斯特菌屬、酒球菌屬、弓形菌屬、嗜血桿菌屬和泛菌屬(Pantoea),呈顯著正相關(guān)的有假交替單胞菌屬和發(fā)光桿菌屬;與色胺呈顯著(P<0.05)正相關(guān)的是葡萄球菌屬和鏈球菌屬(Streptococcus)。

4 數(shù)據(jù)庫注釋分析

4.1 eggNOG數(shù)據(jù)庫注釋分析

將11 份樣品測序得到的數(shù)據(jù)與eggNOG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,獲得了每個基因?qū)?yīng)的直系同源集(Clusters of Orthologous Groups,COG)注釋情況,共鑒定出36 935 個COG功能單元,這些功能單元分屬于23 個主要的功能大類。其中,基因數(shù)排名前3的主要是未知功能類9 190 個基因,氨基酸的轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝3 242 個基因,復(fù)制、重組和修復(fù)2 936 個基因。

4.2 KEGG數(shù)據(jù)庫注釋分析

將NR基因在KEGG數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行注釋,結(jié)果如圖4所示。11 份樣品中共有39 319 個NR基因注釋到KEGG的34 條代謝通路中,在第1水平的通路中,注釋到新陳代謝通路的數(shù)量最多,共有26 273 條;其次是環(huán)境信息處理,共6 041 條;遺傳信息處理,共3 795 條;細(xì)胞過程,共2 335 條;生命系統(tǒng)最少,僅有875 條。在新陳代謝通路的第2水平中,除4 203 條NR基因被注釋到全局和總覽圖外,碳水化合物代謝、氨基酸代謝、輔酶因子和維生素的代謝是被注釋最多的途徑。KEGG數(shù)據(jù)庫注釋結(jié)果揭示了羊肉香腸中微生物主要通過調(diào)控碳水化合物代謝和氨基酸代謝過程影響香腸的品質(zhì),其中,與生物胺產(chǎn)生相關(guān)的代謝為氨基酸代謝。
不同發(fā)酵階段羊肉香腸的KEGG代謝分析

將不同發(fā)酵階段香腸樣品的KEGG數(shù)據(jù)庫中第1水平的豐富度進(jìn)行繪圖后發(fā)現(xiàn),在羊肉香腸中,共有5 大類代謝通路,不同時間的微生物基因在同一類中注釋結(jié)果存在差異,但無論在哪大類代謝通路中,第14天所比對的基因在同一類別中比例都最高,而第0天所注釋的結(jié)果比例都最低,說明第14天的5大功能最旺盛。其中,新陳代謝功能尤其突出,表明14 d是自然發(fā)酵羊肉香腸中微生物代謝活動最為旺盛的時間。

4.3 不同發(fā)酵階段羊肉香腸的新陳代謝類型分析

在新陳代謝通路的第2水平中,每個階段注釋到的第2水平所含有豐度各不相同。第0天各種代謝的豐度均低于第14天,在第0天各種代謝中能量代謝最為旺盛;在第5、14、26天時,除去NR基因被注釋到的全局和總覽圖外,碳水化合物代謝最旺盛,其次是氨基酸代謝和能量代謝。11 份樣品中共有13 條代謝通路中出現(xiàn)生物胺,從KEGG數(shù)據(jù)庫的第2水平來講屬于其中的5 類,分別為氨基酸代謝6 條,其他氨基酸代謝的代謝有2 條,能量代謝1 條,輔酶因子和維生素的代謝1 條,其他次生代謝物的生物合成有3 條。

5 與生物胺代謝相關(guān)的通路分析

羊肉香腸樣品分別結(jié)合KEGG Pathway中ko00380、ko00360、ko00350和ko00950注釋的色胺、苯乙胺和酪胺代謝通路圖。色胺、苯乙胺和酪胺都在單胺氧化酶(EC: 1.4.3.4)的作用下被降解,通過在KEGG數(shù)據(jù)庫中對酶的來源進(jìn)行追蹤發(fā)現(xiàn),單胺氧化酶主要由3 種菌產(chǎn)生,分別為嗜冷桿菌屬(Psychrobacter sp.)YP14、假單胞菌屬OV144和嗜冷桿菌屬YGAH215。樣品去宿主基因后,與KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,沒有注釋到合成這3 種胺的微生物,推測樣品中色胺、苯乙胺和酪胺的形成可能是由于原料肉中內(nèi)源酶的催化作用。

羊肉香腸樣品結(jié)合KEGG Pathway 中ko00310、ko00480注釋的尸胺代謝通路圖。尸胺只由微生物通過賴氨酸脫羧酶(EC: 4.1.1.18)作用于賴氨酸脫羧形成,樣品中具有這種能力的微生物只有1 種菌,為Photobacterium piscicola。尸胺降解的途徑只有1 條,涉及到的微生物有2 種(假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas sp.)JB197、半透明假交替單胞菌(Pseudoalteromonas translucida)),都是通過亞精胺合酶(EC: 2.5.1.16)降解尸胺。

結(jié)合KEGG Pathway中ko00330、ko00480注釋的腐胺代謝通路圖。合成腐胺的路徑有2 條,一條為胍基丁胺在胍基丁酶(EC: 3.5.3.11)的作用下合成腐胺,產(chǎn)生這種酶的微生物有3 種,分別為木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus)、Vibrio rumoiensis、馬葡萄球菌(Staphylococcus equorum);另一條合成途徑是鳥氨酸在鳥氨酸脫羧酶(EC: 4.1.1.17)作用下脫羧形成腐胺,涉及的微生物有熒光假單胞菌(Pseudomonas fluorescens)、莓實(shí)假單胞菌(Pseudomonas fragi)、嗜冷桿菌屬YGAH215和嗜冷桿菌屬1501(2011)。腐胺的降解途徑有氧化、轉(zhuǎn)移等方式,其中產(chǎn)生carboxynorspermidine synthase(EC: 1.5.1.43)的微生物有Vibrio sp.、V. rumoiensis、噬海藻弧菌(V. algivorus),產(chǎn)生亞精胺合酶(EC: 2.5.1.16)的微生物有假交替單胞菌屬JB197和半透明假交替單胞菌,產(chǎn)生二胺N-乙?;D(zhuǎn)移酶(EC: 2.3.1.57)的微生物有Vibrio sp.、Leuconostoc suionicum、V. aphrogenes、腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)、葡萄球菌屬OJ82和木糖葡萄球菌。

結(jié)合KEGG Pathway中ko00330、ko00410和ko00480注釋的亞精胺和精胺代謝通路圖??梢钥闯觯瑏喚返暮铣捎? 條途徑,第1條是腐胺在亞精胺合酶(EC: 2.5.1.16)的作用下生成亞精胺,涉及到的微生物有假交替單胞菌屬JB197和半透明假交替單胞菌;另外一條途徑是羧基亞精胺在羧基精胺脫羧酶(EC: 4.1.1.96)作用下生成亞精胺,產(chǎn)生這種酶的微生物是Vibrio sp.和V. aphrogenes;第3條途徑則是谷胱甘肽亞精胺在谷胱甘肽亞精胺酰胺酶(EC: 3.5.1.78)的作用下合成亞精胺,樣品中產(chǎn)生這種酶的微生物只有發(fā)光桿菌屬(Photobacterium sp.)NCIMB 13483。對于亞精胺的降解有2 條途徑,一條途徑是亞精胺在谷胱甘肽亞精胺合酶(EC: 6.3.1.8)作用下轉(zhuǎn)化為谷胱甘肽亞精胺,產(chǎn)生這種酶的微生物只有發(fā)光桿菌屬NCIMB 13483;另一條途徑則是在精胺合酶(EC: 2.5.1.22)作用下降解為精胺,樣品中產(chǎn)生這種酶的微生物只有硝化螺旋細(xì)菌(Nitrospirae bacterium)。

組胺可以通過組氨酸脫羧形成,同時可以通過基團(tuán)轉(zhuǎn)移、酶氧化、化學(xué)合成等途徑被降解,樣品去宿主基因后,與KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,沒有注釋到代謝組胺的微生物,推測樣品中組胺的代謝可能是由于原料肉中內(nèi)源酶的作用,導(dǎo)致樣品中檢測出低含量的組胺。

6 討論

本研究發(fā)現(xiàn)Vibrio sp.和V. aphrogenes兩種弧菌既能合成腐胺又能降解腐胺,同時還可以降解亞精胺;嗜冷桿菌屬YGAH215不僅降解色胺、苯乙胺和酪胺,還能合成腐胺;假交替單胞菌屬JB197不僅能降解尸胺和腐胺,同時能合成亞精胺;木糖葡萄球菌不僅能產(chǎn)生合成腐胺的酶,還可以產(chǎn)生降解腐胺的酶。

大部分研究人員認(rèn)為,生物胺產(chǎn)生能力不能歸屬到分類種,只能歸屬到菌株。但本研究卻發(fā)現(xiàn),熒光假單胞菌不參與酪胺和組胺的代謝,只與腐胺的合成有關(guān);木糖葡萄球菌不參與組胺和酪胺的代謝,只與腐胺的代謝有關(guān);腸球菌屬、乳桿菌屬和乳球菌屬不代謝組胺。已有報道和本研究結(jié)果不一致,可能是由于生物胺的形成應(yīng)該歸屬于細(xì)菌菌株而不是微生物的分類種或者屬。

7 結(jié)論

研究發(fā)現(xiàn)羊肉香腸中微生物多樣性豐富,葡萄球菌屬、弧菌屬、酒球菌屬和嗜血桿菌屬是主要優(yōu)勢細(xì)菌屬;檢測出8 種生物胺,其中精胺含量最高。相關(guān)性分析表明尸胺與明串珠菌屬和假交替單胞菌屬等5 種細(xì)菌屬呈極顯著正相關(guān);精胺與酒球菌屬和芽孢桿菌屬等15 種細(xì)菌屬呈顯著負(fù)相關(guān);亞精胺與酒球菌屬和弓形菌屬等4 種菌屬呈顯著負(fù)相關(guān);酪胺與酒球菌屬和泛菌屬等5 種菌屬呈顯著負(fù)相關(guān),而與假交替單胞菌屬和發(fā)光桿菌屬呈顯著正相關(guān);色胺與葡萄球菌屬和鏈球菌屬呈顯著正相關(guān);不存在與組胺、腐胺和苯乙胺顯著相關(guān)的細(xì)菌屬。經(jīng)過eggNOG、KEGG數(shù)據(jù)庫比對,分別注釋到36 935、39 319 個基因,主要為碳水化合物代謝和氨基酸代謝。經(jīng)KEGG數(shù)據(jù)庫注釋后,發(fā)現(xiàn)有代謝尸胺、腐胺、精胺和亞精胺的細(xì)菌和酶,有降解色胺、苯乙胺和酪胺的細(xì)菌和酶,沒有代謝組胺的細(xì)菌和酶,色胺、苯乙胺、酪胺和組胺的合成可能由于內(nèi)源酶的作用。

相關(guān)鏈接:梭狀芽孢桿菌,分枝桿菌嗜血桿菌屬,李斯特菌明串珠菌,苯乙胺偉業(yè)計量

本文章來源于——《食品科學(xué)網(wǎng)》,如有版權(quán)問題,請與本網(wǎng)聯(lián)系

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